El funcionamiento del Instituto es financiado principalmente con fondos provenientes de estos organismos:

• Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET)
• Universidad Nacional del Litoral (UNL)

Así mismo, las actividades de investigación, desarrollo e innovación se financian con aportes de las instituciones antes citadas y de:

• Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCYT)
• Secretaría de Gobierno de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva
• Agencia Santafesina de Ciencia, Tecnología e Innovación (ASaCTeI)
• Diversos organismos internacionales

Además, una parte de los ingresos del Instituto proviene de los recursos que se generan a través de las actividades de vinculación tecnológica.